和暦・大正100年。大正兇変（たいしょうきょうへん）と呼ばれる大災害により壊滅した旧帝都・東京は、季節を問わず咲き乱れる御神木・千本桜を中心とした桜京（おうきょう）として、奇跡的な復興を遂げつつあった。しかし大正兇変を境に、怪現象や悪事が多発するように……。帝都の平和をまもるため、神憑（かみつき）特殊桜小隊が立ちあがる！ 桜舞う春の日、家族とともに花見をしていた美來（みく）は、迷子になった姉を探すうちに自分も迷い、気づくと目の前には桜の巨木が！　そこに突然オカマの忍者が現れ、見たこともない軍服に身を包んだ未來に襲い掛かる。絶体絶命の未來の前に現れたのは、「神憑特殊桜小隊」を名乗る双子の兄妹、鈴（りん）と錬（れん）だった……!!。 ――ヒットメイカー・黒うさＰの800万再生突破の国民的ボカロ曲を、イラストの一斗まるが書いた小説をもとに、人気漫画家の石見翔子が堂々コミカライズ!! コミックス第2巻で「御影様教団篇」が、ついに完結！

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  初音未來（はつねみく）

  歌を歌うことが好きで家族想いの少女。突然「大正100年」の世界で軍人になる。
  

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  鏡音鈴（かがみねりん）

  錬（れん）と双子の姉。自分に良く似た人形（オートマタ）を常に持ち歩き、会話はそれをを介して行う。
  

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  鏡音錬（かがみねれん）

  鈴（りん）と双子の弟で、同じく神憑（かみつき）特殊桜小隊の学徒兵。単純で無鉄砲だが、正義感が人一倍強い。